蒋介石曾想让毛泽东当他的接班人 系第二人选

蒋介石接任后，也在考虑自己的接班人，受命担任平汉线方面指挥，率领有限的兵力，与敌对阵相持达三个月之久。1938年1月17日，程潜正式出任第1战区司令长官，统辖30多个师，数十万大军，驻守郑州。2月上旬，又兼任河南省政府主席，统一军政。程潜指挥部队，参与了徐州会战和兰封会战，消灭了大量日军。1938年11月28日，程潜改任军事委员会天水行营主任，统一指挥北战场的抗战。1940年5月，程潜调任重庆国民政府军委会副参谋总长，并继李济深之后接任战地党政委员会副主任委员，以后又一度代理参谋总长之职，直至抗战胜利。

程潜很有军事才能且战功赫赫，但是，后来他与蒋介石却产生了分歧。抗日战争胜利后，湘系军阀也被蒋介石卷入了内战的旋涡。1946年5月，程潜改任军委会武汉行营主任。9月，行营改称国民政府主席武汉行辕，程潜仍任主席。1948年春，国民党召开行宪大会，选举总统、副总统。程潜在部属、同僚的劝说下，决定竞选副总统。后因蒋介石在幕后为孙科拉选票，程潜愤而放弃竞选，支持李宗仁击败了孙科。